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常見的水果、蔬菜等可以作為微生物酶發酵的原料。微生物酵素工藝的特點是:為了防止雜菌生長和酒精產生，可以加入釀造米醋和高濃度異麥芽糖蔗糖；發酵周期相對較長，一般為幾個月到兩年。還有二次發酵工藝，即通過成熟工藝獲得微生物酶產品。
一、酵母發酵-酵母發酵階段將大分子分解成小分子，將淀粉分解成二氧化碳和酒精，也稱為糖化作用。
二:醋酸菌發酵-醋酸菌發酵階段分解酒精，這個階段也稱為醋化作用。
三：乳酸菌發酵——乳酸菌發酵階段乳酸在反應過程中產生益生菌，這一階段也被稱為成熟作用。
蔬果酵素發酵設備是為特定的細胞或酶提供適宜生長環境或生化反應的設備，其結構、操作方式、生產條件與發酵物的質量、產量、能耗等因素密切相關。在工業生產中，絕大多數發酵罐都可以使用非均相反應器，常用的通風發酵設備有機械攪拌、氣升、自吸等。
果蔬酶發酵設備的主要結構部件包括:罐體、攪拌器、聯軸器、擋板、空氣分布器、換熱裝置、傳動裝置、消泡器、人孔、鏡子和管道。果蔬酶發酵設備由罐體、罐頂和罐底三部分組成。罐體一般為圓柱體，罐體頂部裝有視鏡和燈鏡，進料管、補料管、接種管、排氣管和壓力表接管，罐體上有冷卻水進出管、進氣管、溫度計管和檢測儀表接口，取樣管可根據操作方便安裝在罐體側面或罐體頂部。罐體材料多為不銹鋼SUS304、316L。為了滿足工藝要求，罐體在發酵和滅菌過程中必須能夠承受130℃和0.25MPa的工作壓力和溫度。
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